福海县境自古为多民族共同生存发展区域。自汉代开始，新疆地区正式成为中国版图的一部分。至清代，县境以乌伦古河为界南北分属于伊犁将军府和乌里雅苏台定边左副将军治下科布多参赞大臣管辖。同治六年(1867年)，县境属布伦托海办事大臣管辖。光绪二十九年(1903年)，清廷设置布伦托海屯局。光绪三十年(1904年)，清廷对科布多和阿尔泰实行分治，县境隶属阿尔泰办事大臣。阿尔泰办事大臣所辖区域直属中央政府，为中央特别行政区。民国元年(1912年)，隶属阿尔泰行政长官公署。民国3年(1914年)，设布伦托海民政分局。民国8年(1919年)，阿尔泰特别行政区划归新疆省，设阿山道，辖理县境。是年，设布伦托海县佐。民国10年(1921年)，布伦托海县佐升格为县，隶属阿山行政公署。民国31年(1942年)，布伦托海县改称福海县。1949年9月25日新疆和平解放，10月1日，中华人民共和国成立，隶属省人民政府派出的阿山行政专员公署。1950年，福海县人民政府成立。1955年，隶属新疆维吾尔自治区伊犁哈萨克自治州阿勒泰地区行政专员公署。